Ռաֆայել Աշոտի Պապայանը ծնվել է 1942թ. դեկտեմբերի 22-ին դրամատուրգ Արամաշոտ Պապայանի ընտանիքում: 1960 թ-ին ավարտել է Երեւանի Պուշկինի անվան 8-րդ միջնակարգ դպրոցը եւ նույն թվին էլ ընդունվել ԵՊՀ բանասիրական ֆակուլտետ: Այդ ֆակուլտետի լուծարումից հետո 1961 թ-ին տեղափոխվել է Վ. Բրյուսովի անվան ռուսաց եւ օտար լեզուների պետական մանկավարժական ինստիտուտի համապատասխան ֆակուլտետ, որը ավարտել է 1964 թ-ին: Ուսանողական տարիներից հասարակական գործունեություն է ծավալել, ինչի հետեւանքով 1964 թ-ին հեռացվել է կոմերիտմիությունից: Հեռացման հիմնական պատճառն էր Պապայանի կողմից խմբագրվող «Բրյուսովեց» ուսանողական թերթը, որի նյութերն ինստիտուտի կուսակցական ժողովին քննարկման առարկա էին դարձել:

Ինստիտուտը ավարտելուց հետո 1965-1967 թթ. Պապայանը աշխատել է որպես ուսուցիչ Աշտարակի շրջանի Ուջան գյուղի դպրոցում, իսկ 1967-1968թթ.՝ Երեւանի Վ.Բրյուսովի անվան ինստիտուտի ռուս գրականության ամբիոնի լաբորանտ, իսկ 1969թ.՝ Երեւանի պետհամալսարանի գրական կապերի կաբինետի լաբորանտ:
 
1969 թ-ից մինչև 1972 թ-ը Տարտուի պետական համալսարանի ռուս գրականության ամբիոնի ասպիրանտ էր: 1972 թ-ին պաշտպանել է թեկնածուական թեզ եւ ստացել բանասիրական գիտությունների թեկնածուի աստիճան: 1972-1980թթ. եղել է Երեւանի պետհամալսարանի դասախոս, այնուհետեւ՝ դոցենտ: 1981-1982թթ. աշխատել է ԵՊՀ հայագիտության լաբորատորիայում որպես ավագ գիտաշխատող:

Պապայանի 70-ականների հասարակական գործունեությունը ձեռք բերեց հասարակական-քաղաքական բնույթ: 1975 թ-ին նա դարձավ Հայկական ԽՍՀ-ում մարդու իրավունքների խախտումների արձանագրմամբ զբաղվող Հայկական Հելսինկյան խմբի առաջին նախաձեռնողներից ու կազմակերպիչներից մեկը: Այդ ժամանակ Սովետական Միությունում նմանատիպ խմբեր արդեն գործում էին Մոսկվայում, Ուկրաինայում, Լիտվայում եւ Վրաստանում: Հայկական Հելսինկյան խմբի նախագահն էր տնտեսագետ Էդուարդ Հարությունյանը: Իսկ Պապայանը զբաղվում էր խմբի փաստաթղթերի պատրաստմամբ, ինչպես նաեւ միջազգային նամակագրությամբ:


Քաղաքական գործիչ Ազատ Արշակյանը, իրավաբան Վլադիմիր Նազարյանը եւ ՀՀ Սահմանադրական դատարանի անդամ Ռաֆայել Պապայանը
Լուսանկարը՝ nci.am կայքից

Խմբի կազմը բավականին փոփոխական էր: Այն արձանագրում էր Հելսինկյան համաձայնագրերի խախտումների դեպքերը եւ փոխանցում էր այդ տվյալները հետաքրքրված միջազգային կազմակերպություններին: Լուրջ խախտումների մասին վավերագրված ապացույցների ամենահամափարփակ փաթեթը ներկայացվեց 1977 թ-ին Հելսինկյան համաձայնագրերի կատարման Բելգրադի համաժողովում: Պապայանին հաջողվեց իրականացնել այդ փաստաթղթի մեկ օրինակի տեղափոխումը Բելգրադ: Նույն տարվա ընթացքում ձերբակալվեցին Էդուարդ Հարությունյանը եւ խմբի անդամներ Ռոբերտ Նազարյանը ու Շահեն Հարությունյանը: Պապայանի ու Էդմոնդ Ավետյանի բնակարաններում խուզարկություններ կատարվեցին: Ի նկատի ունենալով որպես գիտնականներ նրանց ճանաչվածությունը, որը տարածվում էր նույնիսկ Հայաստանի սահմաններից դուրս,  ինչպես նաեւ երիտասարդության կողմից սիրված լինելը, նրանց նկատմամբ լուրջ հետապնդումներ չիրականցվեցին, եթե հաշվի չառնենք այն փաստը, որ Պապայանը զրկվեց ԵՊՀ-ում դասավանդելու իրավունքից: 1977 թ-ից մինչեւ 1982 թ-ը նա չէր դասավանդում, սակայն շարունակում էր զբաղվել գիտական ու քաղաքական գործունեությամբ:

Երբ արդեն վերացված էին ԽՍՀՄ-ում գործող նմանատիպ բոլոր խմբերը, հայաստանյան խումբը շարունակում էր ինքնուրույն գործել ընդհուպ մինչեւ 1982 թ-ի նոյեմբեր. այդ ժամանակ ձերբակալվեցին Պապայանը, Էդմոն Ավետյանը, ինչպես նաեւ խմբի հետ համագործակցությունը նոր սկսած երկրաբանական գիտությունների թեկնածու Գեորգի Խոմիզուրին, որը ինքնահրատում «Էռնեստ Գառաեւ» կեղծանվան տակ պատմական ուսումնասիրություններ էր տպագրում: ՊԱԿ-ի աշխատակիցների կողմից երեքն էլ ձերբակալվեցին 1982թ. նոյեմբերի 10-ին: Պապայանի բնակարանի խուզարկության ժամանակ հայտնաբերվեց մեծ քանակությամբ հակասովետական գրականություն, այդ թվում Սոլժենիցինի, Ավտորխանովի գործերը, «Ընթացիկ իրադարձությունների ժամանակագրության» նմուշներ եւ Մոսկովյան Հելսինկյան խմբի փաստաթղթեր:

Պապայանին եւ Խոմիզուրիին մեղադրանք առաջադրվեց Հայկական ԽՍՀ ՔՕ 65-րդ հոդվածին համաձայն (հակասովետական ագիտացիա եւ քարոզչություն): Նրանք մեղադրվեցիին նաեւ հակասովետական գրականության տարածման համար: 1983 թ-ի հուլիսին Հայկական ԽՍՀ Բաձրագույն դատարանը դատապարտեց Պապայանին 4 տարվա ազատազրկման եւ 2 տարվա աքսորի: Իսկ Էդմոն Ավետյանը տեղափոխվեց հոգեբուժարան:

1983 թ-ի հուլիսի 29-ին Պապայանը ժամանեց քաղբանտարկյալների համար նախատեսված Մորդովիայի ԻԽՍՀ Բարաշեւո գյուղում գտնվող խիստ ռեժիմի ճամբար: Այնտեղ նա Խոմիզուրիի, Հենրիկ Ալթունյանի ու Լեւան Բերձանիշվիլիի հետ միասին մասնակցեց հացադուլներին ու գործադուլներին, ինչի համար մի քանի անգամ մեկուսարան տեղափոխվեց: Հատուկ տառատեսակների օգնությամբ նամակներում Պապայանը ճամբարի գլխավոր իրադարձությունների մասին տեղեկություններ էր ուղարկում ազատության մեջ գտնվող ընկերներին, որոնց միջոցով նորությունները փոխանցվում էին տեղեկատվական  խողովակներով:

1986 թ-ի նոյեմբերին Պապայանն աքսորվեց ՌՍՖՍՀ Ռոստովի շրջանի Միլերովո քաղաք: 1987 թ-ի մայիսին գորբաչովյան բարեփոխումների շրջանակներում նրա աքսորը վաղաժամկետ ավարտվեց:

Երեւան վերադառնալուն պես Պապայանը ակտիվ մասնակցություն ունեցավ ազգային շարժմանը՝ ինտենսիվ աշխատանք տանելով հայաստանյան եւ ռուսաստանյան ինքնահրատի եւ միջազգային ԶԼՄ-ների հետ:

1989 թ-ին նա կազմավորեց եւ ղեկավարեց Մարդու իրավունքների հայկական լիգան, որի միջոցով 1990 թ-ի մարտին Ժնեւվում ոչ կառավարական կազմակերպությունների գծով մասնակցեց ՄԱԿ-ի Մարդու իրավունքների հանձնաժողովի նստաշրջանին, որտեղ Ղարաբաղյան խնդրի հետ կապված զեկույց ներկայացրեց: Նույն տարվա ընթացքում Հայոց համահայկական շարժման հիմնադիր համաժողովի ժամանակ ընտրվեց ՀՀՇ վարչության անդամ:

1989թ. եղել է Երեւանի պետական կոնսերվատորիայի հայագիտության ամբիոնի հիմնադիրը եւ վարիչը: 1990-1995թթ. եղել է Հայաստանի Գերագույն խորհրդի պատգամավոր, Մարդու իրավունքների մշտական հանձնաժողովի նախագահ, ԳԽ Նախագահության անդամ, Սահմանադրական հանձնաժողովի անդամ, որը մշակում էր Հայաստանի ապագա Սահմանադրության նախագիծը, ինչպես նաեւ ՀՀ նախագահին առընթեր ներման հարցերի հանձնաժողովի անդամ:


Րաֆֆի Հովհաննիսյանը եւ Սահմանադրական դատավոր Ռաֆայել Պապայանը
Լուսանկարը՝ nci.am կայքից

1991 թ-ից Հայ Առաքելական Եկեղեցու Գերագույն Հոգեւոր խորհրդի անդամ էր: 1995-1997թթ. եղել է ՀՀ Ազգային Ժողովի պատգամավոր, գիտության, կրթության եւ մշակույթի մշտական հանձնաժողովի նախագահ:

1997 թ-ի սեպտեմբերին նշանակվել է ՀՀ Սահմանադրական դատարանի դատավոր:

2003թ. օգոստոսի 15-ին պարգեւատրվել է Հայաստանյայց Առաքելական Սուրբ Եկեղեցու «Սուրբ Ներսես Շնորհալի» շքանշանով:

Հեղինակ է բազմաթիվ աշխատությունների՝ հրապարակված Երեւանում, Մոսկվայում, Ս.Պետերբուրգում, Տարտուում (Էստոնիա), Փարիզում եւ այլուր: Բացի գրականագիտական աշխատություններից (դրանց թվում «Ազգային տաղաչափության համեմատական տիպաբանություն» մենագրությունը, Երեւան, 1981, ռուսերեն), հեղինակ է բանաստեղծական ժողովածուի («Տագնապներ». Բանաստեղծություններ. Երեւան, «Նաիրի», 1991. «Անահիտին». Բանաստեղծություններ. Նախադպրոցական եւ դպրոցական տարիքի համար. – Երեւան, «Ամրոց գրուպ», 2002):), թարգմանությունների, այդ թվում՝ Միսաք Մեծարենցի (Мисак Мецаренц. Лирика. Полное собрание. Ереван, 1997), Բուլատ Օկուջավայի (Булат Окуджава. Ночной разговор. Ереван, 2000. – 160 с.), բազմաթիվ հրապարակախոսական աշխատությունների (այդ թվում՝ «Маски террора», Ереван, «Арачэнтац», 1992), իրավունքի հիմնահարցերին առնչվող աշխատությունների, ի թիվս որոնց՝ «Христианские корни современного права» (Ереван, «Нжар», 2000), «Суд в библейском осмыслении» (Ереван, 2001), «Христианские корни современного права» (Москва, 2002), «Արդի իրավունքի քրիստոնեական ակունքները», Մ.Ա.Ս. Էջմիածին, 2002) մենագրությունները:

Մահացել է 2010թ. հոկտեմբերի 5-ին Երեւանում:

Պատրաստեց Դավիթ Ալավերդյանը: