Информационный центр Washington ProFile опубликовал летом 2002 года информацию о том, что террористическая организация «Аль-Каида» еще в конце 1980-х годов основала свой офис в Баку и в начале 90-х начала оказывать поддержку Азербайджану в его войне против Армении за контроль над Нагорным Карабахом. В сентябре 1993 года для участия в карабахской войне в Азербайджан прибыли 1.5 тысячи афганских моджахедов, отмечали американские источники.

«Летом 1994 года их число возросло до 2.5 тысяч. После тяжелых потерь в боях с армянами афганская бригада была расформирована, однако многие из ее членов участвовали и в других региональных конфликтах», - писал Washington ProFile.

Вербовкой моджахедов для участия в войне в Карабахе занимался и «Исламский фронт воинов Великого Востока», взявший в 2003 году на себя ответственность за серию терактов в Турции. Как сообщала издающаяся в Объединенных Арабских Эмиратах газета Gulf News, «Исламский фронт воинов Великого Востока» занимался также отправкой боевиков в Чечню и Дагестан.

Сегодня мало кто помнит о том, что в январе 2002 года Серж Саргсян, занимавший тогда пост министра обороны Армении, выступая на министерской встрече НАТО, привел целый ряд фактов, свидетельствующих о том, что Азербайджан оказывал и продолжает оказывать поддержку международным террористам.

Министр обороны Армении напомнил, что во время карабахской войны на стороне Азербайджана воевали так называемые «специальные силы», сформированные из афганских и чеченских моджахедов. Серж Саргсян сообщил координаты азербайджанских населенных пунктов, где базировались отряды моджахедов, специализировавшиеся на террористической и карательной деятельности. В Баку, в отеле «Апшерон», действовал специальный офис, занимающийся приемом и дальнейшим распределением наемников, говорил министр обороны Армении.

Серж Саргсян заявил также, что после перемирия 1994 года, часть моджахедов осталась в Ахзербайджане. Ибрахим Ейдурас (Ibrahim Eiduras), позднее арестованный в Европе за участие в бомбежке посольств США в Кении и Танзании, возглавлял азербайджанское отделение «Аль-Каиды» в 1995-1997 годах», - заявил министр обороны Армении.

В августе 1998 года именно азербайджанское отделение организации «Исламский Джихад», слившееся позднее с Аль-Каидой Осамы бен Ладена, координировало бомбежку посольств США в Кении и Танзании, отмечал Серж Саргсян. В конце своего выступления министр обороны Армении зачитал список экстремистских исламских групп, продолжающих действовать на территории Азербайджана.

После терактов 11 сентября 2001 года Госдепартамент США начал публиковал ежегодные отчеты «Структуры глобального терроризма» (Patterns of Global Terrorism). В докладе за 2001 год говорилось, что Азербайджан предпринял ряд шагов по снижению террористической активности на своей территории, и в стране был задержан и депортирован ряд лиц, подозреваемых в связях с международными террористическими организациями.

В отчете за 2002 год отмечалось, что в предыдущие годы «через Азербайджан проходили маршруты транспортировки моджахедов, связаных с международными террористическими организациями». «В 2002 году Азербайджан предпринял дополнительные усилия и добился определенного успеха в предотвращении подобных действий», - отмечалось в докладе Государственного департамента. В документе говорилось также, власти Азербайджана запретили деятельность двух арабских фондов, а также арестовали 6 членов экстремистской исламской группировки Hizb ut-Tahrir.